[08HH]

MỤC LỤC

Giới thiệu CNSH trong bệnh cây
1.1. Khái niệm về công nghệ sinh học
1.2. Công nghệ sinh học trong bệnh cây
Chương 1. Di truyền quần thể trong bệnh cây
1. Sinh học quần thể của tác nhân gây bệnh
2. Tiến hóa
2.1. Tiến hóa
2.2. Sinh học tiến hóa: Di truyền quần thể và phả hệ trong bệnh cây
3. Năm lực tiến hóa (Five Evolutionary Forces)
4. Đột biến
4.1. Định nghia
4.2. Vai trò
4.3. Một mô hình đột biến đơn giản
4.4. Đột biến trong tác nhân gây bệnh cây
4.5. Đột biến và chiến lược tạo giống kháng
5. Trôi dạt di truyền
5.1. Định nghĩa
5.2. Đặc điểm
5.3. Nguyên nhân
5.4. Đo trôi dạt di truyền
5.5. Trôi dạt di truyền làm giảm đa dạng di truyền và dẫn tới phân chia quần thể
5.6. Trôi dạt di truyền trong tác nhân gây bệnh cây
5.7. Ví dụ trôi dạt di truyền trong bệnh cây
6. Giao lưu gene và kiểu gen (Gene and Genotype Flow)
6.1. Định nghĩa.
6.2. Đặc điểm
6.3. Giao lưu gen (gene flow) và giao lưu kiểu gen (genotype flow)
6.4. Phân chia quần thể và giao lưu gen
6.5. Ví dụ giao lưu gen trong bệnh cây
6.6. Mối liên hệ giữa trôi dạt di truyền và giao lưu gen
6.7. Khái niệm siêu quần thể và tác nhân gây bệnh
7. Hệ thống sinh sản/ghép cặp (Reproductive/Mating Systems)
7.1. Đánh giá cấu trúc di truyền trong quần thể
7.2. Hệ thống sinh sản và ghép cặp của các tác nhân gây bệnh cây
7.3. Đa dạng gen và đa dạng kiểu gen
7.3.1 Đa dạng gen
7.3.2 Đa dạng kiểu gen
7.3.3 Ví dụ đo đa dạng gen và đa dạng kiểu gen
8. Chọn lọc tự nhiên
8.1. Khái niệm
8.2. Hai mô hình chọn lọc
9. Tương tác giữa các lực tiến hóa và cấu trúc di truyền của quần thể tác nhân gây bệnh
9.1. Tương tác giữa đột biến và chọn lọc
9.2. Tương tác giữa tái tổ hợp và chọn lọc
9.3. Tương tác giữa trôi dạt di truyền, giao lưu kiểu gen và chọn lọc
9.4. Tương tác giữa chọn lọc và giao lưu kiểu gen
9.4.1 Tương tác giữa tái tổ hợp và giao lưu gen
9.5. Ứng dụng di truyền quần thể để đánh giá các nguy cơ do tiến hóa của tác nhân gây bệnh
Chương 2. Lựa chọn vùng gen của tác nhân gây bệnh
1. Bộ gen của tác nhân gây bệnh
1.1. Bộ gen viroid
1.2. Bộ gen virus
1.3. Bộ gen vi khuẩn và phytoplasma
1.4. Bộ gen nấm
2. Chọn vùng gen nghiên cứu
2.1. Chọn vùng gen virus
2.2. DNA ribosome
2.2.1 Cấu trúc và chức năng RNA ribosome
2.2.2 Vai trò của rDNA trong phân loại và nghiên cứu đa dạng và chẩn đoán
2.3. Gen mã hóa
2.4. Các chuỗi lặp
2.4.1 Các chuỗi lặp liền kề (tandem repetitive sequences)
2.4.2 Các chuỗi lặp phân bố rải rác (Dispersed repetitive sequences)
2.5. DNA ti thể (mitochondrial DNA)
Chương 3. Các kỹ thuật CNSH trong nghiên cứu bệnh cây
1. Các marker di truyền
1.1. Định nghĩa
1.2. Phân loại
2. Các loại marker phân tử
3. Kỹ thuật dựa trên lai phân tử: RFLP
3.1. RFLP: các chú ý về kỹ thuật
3.1.1 RFLP: Các ưu điểm chính
3.1.2 RFLP: Các hạn chế chính
4. Các kỹ thuật dựa trên PCR
5. Các kỹ thuật dựa trên PCR dùng mồi tùy ý: RAPD, AP-PCR và DAF
5.1. RAPD
5.1.1 RAPD: nhược điểm
5.2. DAF
5.3. AP-PCR
6. Kỹ thuật dựa trên PCR dùng mồi tùy ý: AFLP
6.1. AFLP: các bước
6.2. AFLP: ưu điểm
6.3. AFLP: nhược điểm
7. Kỹ thuật dựa trên PCR dùng mồi tùy ý: ISSR
8. Kỹ thuật dựa trên PCR dùng mồi đặc hiêu: SSR (=Microsatellites)
8.1. Phân loại microsatellite
8.2. Đặc điểm di truyền của microsatellite
8.3. Cơ chế tạo đột biến của microsatellite
8.4. Phân bố của microsatellite
8.5. Trình tự phân tích microsatellite
8.6. Microsattelite: ưu điểm chính
8.7. Microsattelite: nhược điểm chính
9. Marker EST (expressed sequence tags)
10. Kỹ thuật CAPS
11. Kỹ thuật SNP
12. Kỹ thuật rep-PCR
13. Tóm tắt các kỹ thuật
Chương 4. Phân tích kết quả dựa vào số liệu băng điện di
1. Giới thiệu
2. Các bước chính trong phân tích đa dạng dựa trên băng điện di
2.1. Mô tả sự đa dạng
2.2. Tính toán mối quan hệ giữa các đơn vị được phân tích ở bước trên
2.3. Biểu diễn mỗi quan hệ
3. Lượng hóa mức đa dạng: đo đa dạng trong quần thể
3.1. Dựa trên số lượng biến dị
3.1.1 Mức đa hình hay tỷ lệ đa hình (Pj)
3.1.2 Tỷ lệ các locus đa hình (P)
3.1.3 Số allele trung bình trên locus
3.2. Dựa vào tần số biến dị
3.2.1 Số lượng allele hiệu quả (Ae)
3.2.2 Mức dị hợp tử kỳ vọng trung bình (H = mức đa dạng di truyền Nei (D)
3.3. Ví dụ tính đa dạng di truyền trong quần thể dùng 1 marker đồng trội
3.4. Ví dụ
3.4.1 Các bước tính (bảng dưới)
3.5. Ví dụ tính đa dạng di truyền trong quần thể dùng 1 marker trội
3.5.1 Ví dụ
3.5.2 Các bước tính (bảng dưới)
4. Lượng hóa mối quan hệ di truyền: khoảng cách di truyền (nghĩa rộng)
4.1. Đánh giá các mối quan hệ dựa theo khoảng cách hình học
4.1.1 Các phương pháp phổ biến tính hệ số tương đồng S (similarity) dựa trên biến nhị thức (0, 1)
5. Phần mềm
Chương 5. Phân tích đa dạng, phân loại dựa trên trình tự DNA
1. Các thuật ngữ/khái niệm
2. Giải trình tự chuỗi DNA (sequencing)
2.1. Giới thiệu
2.2. Sequencing dùng BigDye Terminator
3. Tìm kiếm chuỗi có quan hệ gần trên ngân hàng gen
3.1. Ngân hàng gen (Genbank) và NCBI
3.2. Tìm kiếm chuỗi DNA trên GenBank bằng phần mềm BLAST
4. So sánh trình tự
4.1. Căn trình tự đa chuỗi bằng phần mềm ClustalX
4.2. Xác định mức đồng nhất (sequence identity) bằng phần mềm Bioedit
4.3. Xác định khoảng cách di truyền (genetic distance)
4.3.1 Khái niệm khoảng cách di truyền phân tử
4.3.2 Mô hình thay thế nucleotide (subtituation model).
4.3.3 Ví dụ tính khoảng cách di truyền dựa trên 5 chuỗi 16S RNA vi khuẩn dùng phần mềm MEGA
5. Xây dựng cây phả hệ
5.1. Maximum parsimony
5.2. Maximum likelyhood
5.3. Phương pháp khoảng cách (Distance)
5.4. Ví dụ xây dựng cây phả hệ của chuỗi các chuỗi 16S RNA vi khuẩn dùng phần mềm MEGA
Chương 6. Công nghệ microarray (chip gen)
1. Giới thiệu
2. Các loại microarray DNA
2.1. Microarray với các dò oligonucleotide ngắn
2.2. Microarrays với dò oligonucleotide dài
2.3. Microarrays với dò cDNA
3. Các phương pháp cố định dò trong microarray DNA
3.1. Tổng hợp trực tiếp ngay trên giá đỡ (in situ)
3.2. Tạo microarray bằng spotting
4. Gán nhãn dò
4.1. Gán nhãn trực tiếp
4.2. Gán nhãn gián tiếp
4.3. Gãn nhãn dùng dendrimer
5. Vật liệu để cố định dò
6. Các phương pháp gắn dò vào lam kính
7. Ứng dụng microarray DNA
7.1. Nghiên cứu biểu hiện gen “gene expression profiling”
8. Chẩn đoán và nghiên cứu kiểu gen (genome typing)
Chương 7. Công nghệ RNA interference
1. Lịch sử phát hiện
1.1. Hiện tượng đồng ức chế
1.2. Hiện tượng chế ngự (quelling)
1.3. Hiện tượng câm gen cảm ứng bởi virus
1.4. RNA Interferrence
2. Small interfering RNA (siRNA) và microRNA (miRNA)
2.1. miRNAs - khám phá
2.2. miRNAs - định nghĩa
2.3. miRNAs – nguồn gốc
2.4. miRNAs – sinh tổng hợp
2.5. siRNAs - khám phá
2.6. siRNAs - định nghĩa
2.7. siRNAs – nguồn gốc
2.8. siRNAs – sinh tổng hợp
3. So sánh miRNA và siRNA
3.1. Giống nhau
3.1.1 Khác nhau
4. Công nghệ RNAi trong tạo giống kháng bệnh virus
4.1. Giới thiệu
4.2. Các đặc điểm chính trong công nghệ RNAi dựa trên siRNA
4.2.1 Thiết kế cấu trúc chuyển gen
4.2.2 Chọn chuỗi gen virus
5. Ví dụ công nghệ RNAi kháng bệnh virus
5.1. Tạo cây chuyển gen kháng PVY thông qua RNA silencing
5.1.1 Giới thiệu.
5.1.2 Thiết kế cấu trúc chuyển gen (hình) và chuẩn bị dòng vi khuẩn chuyển gen
5.1.3 Biến nạp cấu trúc chuyển gen vào cây khoai tây
5.1.4 Các phân tích chính cây chuyển gen
5.2. Tạo cây chuyển gen kháng TYLCV thông qua RNA silencing
5.2.1 Giới thiệu.
5.2.2 Thiết kế cấu trúc chuyển gen (hình) và chuẩn bị dòng vi khuẩn chuyển gen
5.2.3 Biến nạp cấu trúc chuyển gen vào cây khoai tây
5.2.4 Các phân tích chính cây chuyển gen
6. Sử dụng công nghệ microRNA trong phòng chống bệnh virus
6.1. Dùng công nghệ miRNA tạo tính kháng CMV
6.1.1 Giới thiệu
6.1.2 Thiết kế cấu trúc miRNA chuyển gen
6.1.3 Chuyển gen vào cây thuốc lá
6.1.4 Lây nhiễm nhân tạo
6.1.5 Đánh giá cây chuyển gen được lây nhiễm CMV dựa trên triệu chứng
6.1.6 Phân tích miRNA trên cây chuyển gen
6.1.7 Phân tích RNA của CMV trên cây lây nhiễm
6.1.8 Phân tích virion CMV trên cây lây nhiễm
Chương 8. PCR trong chẩn đoán tác nhân gây bệnh
1. Tóm tắt kỹ thuật
2. Thiết kế và lựa chọn mồi (primer)
2.1. Tự thiết kế mồi
2.1.1 Các chú ý khi thiết kế mồi
2.1.2 Thiết kế mồi chung (degenerate primer)
2.1.3 Phần mềm
2.2. Ví dụ mồi chung
Chương 9. Công nghệ huyết thanh học trong chẩn đoán
1. Cơ sở của phản ứng huyết thanh học
2.3. Các khái niệm
2.3.1 Kháng nguyên (antigen):
2.3.2 Nhóm quyết định kháng nguyên (epitope)
2.3.3 Kháng nguyên của tác nhân gây bệnh cây
2.3.4 Kháng thể (antibody)
2.4. Kháng thể đơn dòng và kháng thể đa dòng
3. Sản xuất kháng thể đơn dòng
3.1. Các bước chính để sản xuất kháng thể đơn dòng gồm
3.2. Qui trình tạo kháng thể đơn dòng
3.2.1 Gây miễn dịch trên thỏ
3.2.2 Dung hợp (lai)
3.2.3 Sản xuất
4. Kỹ thuật chẩn đoán bằng ELISA
4.1. Vật liệu chính cho ELISA
4.2. Các kỹ thuật ELISA.
4.2.1 Kỹ thuật ELISA trực tiếp kiểu kẹp kép kháng thể (DAS-ELISA)
4.2.2 Phản ứng ELISA gián tiếp kiểu bẫy kháng nguyên trước (PTA-ELISA)

[DOWNLOAD][/DOWNLOAD]
http://www.mediafire.com/?v17j1cia28df191